Prawdziwie otwarty system wizualizacji molekularnej stworzony przez zespół PyMOL
Zdjęcia
PyMOL (metodologia analizy pleomorficznej) to oprogramowanie opracowane przez Warrena Lyle Delano. PyMOL został po raz pierwszy skomercjalizowany przez DeLano Scientific LLC, prywatną firmę zajmującą się oprogramowaniem, której celem jest opracowywanie użytecznych narzędzi dla społeczności naukowej i edukacyjnej na całym świecie. Opiera się na tych samych metodologiach analizy piromorficznej, które są stosowane w dziedzinie biologii strukturalnej. Ten rodzaj analizy służy do charakteryzowania różnych substancji organicznych i nieorganicznych za pomocą czułych instrumentów.
Do tej pory ten produkt jest szeroko stosowany w biologii strukturalnej, astronomii i innych dziedzinach. Wiele instytucji, w tym Jet Propulsion Laboratory (JPL), NASA i Uniwersytet Kalifornijski w Berkeley, używa PyMOL. Podstawowym celem założycieli PyMOL było opracowanie oprogramowania typu open source do analizy różnych typów cząsteczek organicznych i atomów. Od początku istnienia program był modyfikowany i dostosowywany do szerokich zastosowań w wielu dziedzinach, m.in. w chemii, astronomii, informatyce, naukach farmaceutycznych. Wiele innych uniwersytetów i szkół wyższych również przystosowało PyMOL do szerokich zastosowań we własnych ośrodkach badawczych. Istnieją dwa kluczowe elementy tego pakietu o otwartym kodzie źródłowym, które odróżniają go od innych narzędzi i rozwiązań typu open source dostępnych na rynku.
Pierwszym elementem PyMOL jest fakt, że jest to system wizualizacji cząsteczek o otwartym kodzie źródłowym, stworzony i rozwijany przez renomowany zespół naukowców i inżynierów z DeLano Scientific LLC. PyMOL posiada licencję na wspieranie potrzeb środowisk naukowych i edukacyjnych, w tym Biura Badań Naukowych i Inżynieryjnych Departamentu Energii (OSER), Narodowych Instytutów Zdrowia (NIH) oraz Zaawansowanych Projektów Badawczych Obrony (DARPA). Innym ważnym elementem oprogramowania do wizualizacji molekularnej typu open source jest jego kompatybilność i dostępność za pośrednictwem wspólnej bramy oprogramowania edukacyjnego (CAGE), internetowego repozytorium zarządzanego przez amerykańską Agencję Rozwoju Edukacji i Badań Naukowych (UREA). Ponieważ PyMOL jest dostępny na wielu platformach, w tym Windows, Linux, UNIX i Solaris, wdrożenie i użytkowanie jest bardzo wygodne dla instytucji edukacyjnych.
